Оставьте только одну категорию.
Чуть ниже пункт: Категория по умолчанию. Смените на нужную.
Товар будет показываться в родительской категории. Так prestashop устроен.
Кеш очищали?
Версия prestashop какая?
Попробывал на чистом prestashop. Товары показывает в родительской категории, даже если они не отмечены.