В настройках поддомена нужно указать корень сайта папку, в которой установлен основной домен.
Спасибо большое, помогло.
Возникли еще несколько ошибок:
1. Не все модули копируют свои настройки контент в созданный магазин. Это как либо можно исправить?
2. Категории копируются только самого верхнего уровня остальные категории второго третьего и тд уровней не появляются в созданном магазине.
Подскажите пожалуйста каким образом я бы самостоятельно мог добавить эти категории или это как то можно исправить или подскажите в какой таблице я смогу это отредактировать.
Поскольку добавлять внутренние новые категории в новом магазине нет смысла так как товары берутся из основного магазина соответственно они уже привязаны к категориям.
Вообщем основная проблема с категориями, модули впринципе можно отредактировать.
Спасибо.