Если учитывать многие факторы
1. тех вопросы с хостингом
2. бизнес вопросы с товаром и продвижение
то проще сделать 2 независимые инсталяции на разные домены
1. если надоест бизнес в этой категории товаров или захотят купить, то проще продать хостинг, сайт и базу , чем потом выкусывать это из мультишопа
2. технически ISP панель , живёт по своим законам , а в данном случае надо будет играть с путями на сервере ручками , назначать права доступа и т.д.
3. выйгрышь в том что покупатель будет иметь одну карзину незначителен , админить раздельно товары я думаю проблем не возникнет
4. усложнит настройку в категориях для мультшопа (я досих пор на пути разбора приоритетов в категориях мультишопа, что и как он назначает

)