Попробуйте зайти в панель управления хостингом, если у Вас установлена cPanel,
там есть вкладка "Использование ресурсов" она покажет где у Вас происходит перегрузка,
в ISPmanager тоже есть подобный модуль для определения неисправностей.
Возможно у Вас где-то закольцован какой-то скрипт.
У меня на обычном виртуальном хостинге установлено 6 сайтов четыре из них на Престашоп,
товаров около 800 и никаких проблем с нагрузкой на сервер