Товары выводятся только в категориях, в которые они входят. Так работает движок.
Так что если категории не были отмечены товары не должны были показываться.
Исключение только в одном случае, когда товары в одной главной категории, под-категорий нет, навигация сделана на основе фильтров.
Еще может быть, что у вас были изменены базовые классы prestashop, после обновлений, установок модулей или еще каких-то действий, эти изменения пропали.