Если что-то в дефолтной престе не работает - это в 99.9% случаев доработки и не всегда прямых рук.
Если Вы редактировали ядро или вносили дополнительные правки theme/вашатема/product.tpl или у Вас есть переопределение в override на ProductController.php тут уже надо смотреть по месту.
А так, я сделал бы следующее:
1. Смотрим массив {$product|var_dump} и всё что связано с формированием цены, если отдает сервер неправильный результат цены, значит сразу идем в контроллер и ищем там проблему
2. Если с сервера всё правильно, то смотрим product.tpl там где выводится цена.
Дальше уже подскажет природа)