Правильно, создаете заказ методом
public function validateOrder(
$id_cart,
$id_order_state,
$amount_paid,
$payment_method = 'Unknown',
$message = null,
$extra_vars = array(),
$currency_special = null,
$dont_touch_amount = false,
$secure_key = false,
Shop $shop = null
)
Статус может быть "В ожидании оплаты".
После подтверждения оплыты меняете статус на "Оплаченный".