Есть способ намного проще.
По умолчанию Prestashop не может запрещать выполнение js, т.к. вся преста на js работает.
Но есть где-то, что-то что запрещает выполнение js.
Если не хотите заморачиваться за то, чтобы разрешать, нужно просто загружать свои скрипты перед закрывающимся тегом </body> в этом файле
...themes/classic/templates/layouts/layout-both-columns.tpl
Проверено. Все работает.