Решено:
Скрипт отправляет одну и туже куку несколько раз (в зависимости от места вызова).
По ходу выполнения скрипта значение куки изменяется. Длина значения куки до 1000 символов.
Решение: выводить в заголовке только последнее значение куки.
В файле /classes/Cookie.php
добавляем
// удаляем дубли
$headers = headers_list(); header('Set-Cookie:');
foreach($headers as $val) { if(strtolower(substr($val, 0, 12)) == 'set-cookie: ' AND !strpos($val, ' '.$this->_name.'=')) header($val, false); }