Может у вас prestashop 1.7?Модуль Яндекс Маркет на этой версии глючит.
Ссылку на прайс откройте и проверьте сколько позиций в файле.Настройки модуля проверьте.
Категорию проверьте, из которой модуль берет товары.
Так откатите на рабочую версию.
вы поменяли модуль с последними обновлениями от 4.03?