Статус заказа номер 4, по этому статусу отправляет письмо. Но в админке письмо не отменить. В контроллере нужно закоментировать отправку в
/* Update shipping number */
if (Tools::isSubmit('submitShippingNumber') && isset($order)) {
...
/* удалить или закомент. */
@Mail::Send((int)$order->id_lang, 'in_transit',