Всё, устранил проблему! Если у кого то похожая ситуация, обязательно смотрите карту генерации ссылок (спасибо Adik который подтолкнул в правильное направление). Проблема была в методе генерации URL
Она была по такой формуле: {category:/}{id}-{rewrite}{-:ean13}.html
Где все хорошо, кроме {-:ean13} - а это у нас иногда меняется, и всегла получаем новый URL!) Пока гугл поймет что это один и тот же URL проходит время, зачастую немалое, потому постоянно лезут дубли. Убрал {-:ean13}, из генерации. Ждем теперь переиндексации....