Тогда только в ручную. Или у себя поставь веб сервер локальный и на нем можно bash скрипт создать для копирования файла во все папки.
Не обзательно только ручками
.
1. Переносим сайт на локальный сервер.
2. В Total Commander в одной панели открываем папку, внутри которой находятся папки, куда надо закачать какой-либо файл (index.php). Если во все папки сайта, значит, открываем корень сайта в этой панели.
Если не знаете, что такое Total Commander, соболезную. Объяснять не буду - в Интернете море информации. Установите и изучите.
3. Жмем на Alt-F7 и вызываем диалог поиска.
4. Заходим во вторую вкладку диалога поиска (Advanced или Дополнительно, по русски). Ставим галку на Attributes: и потом в этом разделе на опцию Directories. Таким образом будут искаться только папки.
5. Жмем на Enter.
6. В результатах поиска выведутся только папки.
7. Жмем внизу на кнопку Feed to listbox (Типа вывести в виртуальную панель)
8. Все папки выведутся в этой панели в список (без файлов).
9. Выбираем в них клавишей Space или Ins папки, куда хотим копировать нужные нам файлы.
10. В другой панели Total Commander выбираем нужный файл (index.php) и жмем на F5 (Копировать). В диалоговом окне панели копирования ставим галочку на опцию в самом низу Copy to all selected folders/links in the target panel. Что значит Копировать во все выделенные папки целевой панели.
11. Жмем Enter. При копировании выбираешь, перезаписывать ли Index.php, если он есть в целевой папке, или пропускать. В том числе в пакетном режиме. И все готово!
