Сколько времени это займет и какие могут возникнуть проблемы никто без анализа сайтов не скажет.
В MODx и Wordpress есть инструмениты выгрузки товаров в csv файл. В prestashop функции иморта csv встроены.
Вам нужно будет адаптировать файлы csv из MODx и Wordpress в Prestashop.