У вас мультимагазин на движке prestashop.С индексацией сайтов в режиме мультимагазин проблем нет. Можно и разные robots.txt подставлять, и разные карты сайта. Если причина отказа только в этом, то отказываться от мультимагазина нет смысла.Нужен вам мультимагазин или нет вы можете решить прочитав рекомендации в руководстве пользователя - Prestashop - Управление мультимагазином