Вы как раз и не понимаете логику (она кстате не моя, это prestashop так создан).
В модуле вы создаете карту сайта. Это несколько файлов, один основной и по одному языковой версии.
Вот за ссылки в этих файлах и отвечает модуль. Ссылки внутри этих файлах должны быть с https (если у вас включено использовать SSL).
А ссылку на основной файл карты сайта вы сами должы добавлять и сами устанавливать http или https.
Найдите тему на форуме по robots.txt и sitemap, там все подробно объяснено.