Решено... наверно, пока еще потестить нужно
classes\Product.php
найти
ORDER BY ag.`position` ASC, a.`position` ASC, agl.`name` ASC';
Заменить на
ORDER BY ag.`position` ASC, al.`name` ASC, a.`position` ASC, agl.`name` ASC';
решение 2
в админке в каталог/атрибуты можно передвигать атрибуты(значения) и они сортируются тогда по вашим отсортированным позициям, но если список большой то не очень удобно. особенно если атрибуты добавляются постепенно и сортировка опять идет по ID.
Спасибо всем кто помогал.