В prestashop 1.6 можно было менять сортировку так
$this->generateCategoriesMenu(Category::getNestedCategories($id, $id_lang, true, $this->user_groups,true,null,'order by cl.`name` DESC'));
Так как модуль перешел в версию 1.7, такой метод может подойдет и для 1.7.