В правилах цены можно установить приоритет.
Специальные цены сразу покажут цену со скидкой, тут не запретить.
Правило каталога действует на последнем этапе, можно добавить проверку. Останется решить что делать и как к этому отнесутся покупатели.
Они же увидят цены за товары со скидками, а потом придется удалять товары и заново добавлять в корзину, чтобы получить скидку каталога.