тогда пропадает вообще смысл в файлах бустрапа по идее, ведь с тем же успехом можно просто нужные елементы копировать в свой css под своим именем.
Об этом спорят много, использовать фреймворк или нет. У каждого свое мнение.
Использование Bootsrap, это облегчение интеграции дизайна в html/css, относится к шаблонам prestashop. Модуль же это программная часть и менять стандарный модуль под свою тему не нужно. В prestahop для этого есть переопределение модулей, классов, контроллеров.
Нужно создать новый модуль горизонтального меню или действительно определить свои стили.
По моему, лучше сделать новую тему со всеми модулями, чтобы не зависеть от стандартных. Работы больше, зато проблем меньше.