Откуда вы их собираетесь удалять? При изменении названия ничего не меняется, ссылка изменится только при измении чпу.
Например, был "товар1" с чпу "tovar1" , а потом я его переименовал в "новый товар 1 " и изменился чпу (иногда менял руками).
Без понятия откуда их вытягивает СайтМэпГенератор.
Но вытягивает обе ссылки и новый чпу и старый. Старый, естественно, идет как 404.
Тоже самое с категориями. И при переименовывании, и просто при удалении категории. На них где-то остаются ссылки на сайте.
Даже стандартный модуль сайтмэп их вытягивает откуда-то.