Дочернию тему в prestashop не создают.Нужно экспортировать установленную, изменить название папки и темы, изменить стили, шаблоны и потом установить ее как основную.
При обновлении можно выбрать обновлять дефолтную тему или нет.Кастомную тему можно обновлять с github, если создадите репозиторий и будите выкладывать обновления.
Движок отдельно, своя тема отдельно.С движком обновляют только тему, которая идет в установочном пакете.