Prestashop не отличается от любых других движков. Знаете php, html, css и все бесплатно. Изменяйте, добавляйте никто не запрещает.
Разделите категорию на подкатегории, это бесплатно.
Можете переопределить метод getProducts из класса Category. В sql запрос добавить свои условия. Тоже бесплатно.
Можете изменить модуль Блок многоуровневой навигации, сделать активными фильтры категории при загрузки страницы.
Вариантов много.