Доставку и оплату не поменять. Так как в Prestashop определены шаги оформления заказа 2 шаг - выбор доставки, на основании цены доставки рассчитывается сумма оплаты и появляется 3 шаг - выбор метода оплаты.
Можно с помощью стилей сменить разметку блоков, или вывести всплывающее окно с формой оплаты, или ... вариантов много.
Спрятать поле комментарий к заказу можно с помощью css/js. Примеры есть в стандартной теме prestashop.