На стадии включения мультимагазина нужно выбрать разделение модулей.После включения мультимагазина при установки модулей нужно выбирать магазин для которого устанавливается модуль.Если модуль поддерживает режим мультимагазина, выбрать магазин зайти в настройки и настроить вывод модуля имено для выбранного магазина.
В стандартном модуле нельзя.
Если сам делаешь, то дешевле переделать.