Сорри, не очень понял данный ответ:
1. Реф.номер удалять не нужно. Для номера счет-фактуры добавить еще одну колонку в таблицу, а письме реф.номер указать в теле ссылки на заказ.
Где не нужно удалять реф.номер? Вообще Reference играет какую-нибудь роль в работе Prestashop. Я понимаю, что если удалить ID заказа, то все порушится. А если где-то Reference убрать?
Я правильно понимаю, что это случайно генерируемая комбинация букв, не являющаяся ключевым полем для связи с другими таблицами и не влияющая на работу базы данных и Prestashop?
2. С ошибкой формирования счетов может быть связано то, что в таблицах orders, order_invoice, order_history не удались старые данные или есть не соответсвие между ид заказа и ид счета.
Да, Вы правы - проблема оказалась в этом. Но меня удивляет, что Prestashop 1.5.3.1 после удаления заказов из админки оставляет весь мусор, связанный с удаленными заказами, в базе данных: налоги, способы доставки и платежа и прочее. Их пришлось вручную удалять.
3. Основной шаблон формы показа:
/admin/themes/default/template/controllers/orders/form.tpl
Не можете подсказать конкретно строку, где править формат выводимых ID заказов в списке заказов в админке до шестизначного с ведущими нулями - см.orders_admin.jpg.