Поиском по названию папки и файлов, которые появились, можно поискать. Но шансов не много что найдете. Повторы названий бывают редко.
Так как у вас изменений много, то и сравнивать бесполезно. Вам нужно проверить все папки и файлы, посмотреть как называются файлы в prestashop вашей версии. Во всех файлах, названия которых отличаются, проверять код.