Персональных скидок нет, есть общая скидка выставленная в ценовых правилах каталога.
При создании нового клиента бардак повторяется, но стало видно что в заказ попали товары из прошлого заказа, как не знаю, и вообще заметил что заказы перемешиваются между собой, видимо отсюда и не правильный подсчет суммы. Где в БД очистить историю заказов, подскажите может там проблемма, хотя не думаю.
И еще, как я понял, итого считается правильно, а вот с документами не прорядок, туда подставляются не правильные значения.