Зоной может быть страна, область, край или город.
Создаете Зону 1.
Создаете Страну - Москва и область, которая входит в Зону 1.
Потом Зону 2 - Санкт-Петербург и область.
и т.д.
В шаблоне меняете название поля Страна на Регион.
В доставке устанавливаете цены на зоны. Подучается доставка по регионам.