Есть разные варианты, как сделать зависит от того, как клиент должен оплачивать доставку, какие методы доставки в магазине.
Можно установить модуль Delivery Manager Module. В нем есть возможность оплаты доставки отдельно, при получении.
Можно указать на сайте, что доставка не входит в цену ее оплачивать нужно отдельно, в корзине будет показана доствака 0,00.
Так-же есть модули доставки от конректной службы доставки, которые разделяют стоимость доставки и заказа.