Если обновление сделает специалист, то ничего не потеряется.
Кодировку настраивают на сайте и в базе данных. Для сайта это сохрание всех файлов в кодировки utf8, для базы данных установка соединения, кодировки бд, таблиц, текстовых полей в utf8.
Сайт может быть проиндексирован только yandex, а другие поисковики его могут игнорировать, он закрыт для других поисковых роботов. Вам нужно сделать SEO анализ сайт.