В последней версии prestashop нет таких проблем. Проблемы появляются только при установке модулей, в которых неправильно определены url.
Для старых версий лечится просто, включаете чпу, устанавливаете 301 редирект на канонический URL в SEO настройках. Удаляете модули, в которых не работают правила чпу.