1. Меняю как написано
/*
* /classes/PaymentModule.php
*/
...
'{order_name}' => sprintf("#%06d", (int)($order->id))
2. Шаблоны писем не меняю.
3. Делаю заказ, получаю email с текстом "Заказ: 000012 добавлен...."
Метод работает, проверено. Если у вас не меняется номер заказа в письме, то нужно очистить папки кеша в ручную и проверить шабоны писем.