Поставил рядом на этом же хостинге чистую престу, залил из прошлых csv товары_, включил мультисайт - все индексы обновляются корректно и быстро. О чем и было сказано, что не может 200 товаров завалить хостинг по запросам при индексации.
Т.е. получается в какой-то момент что-то заглючило как обычно в престе. Хотя, ни чего, кроме работы с контентом я не делал и работал только с дефолтными компонентами.