Если вам нравится cs-cart, то вам лучше использовать этот движок интернет магазина. Для меня prestashop лучше чем cs-cart или opencart, но это дело вкуса и знания системы. В принципе, все движки одинаковые. И они созданы как база для создания инетрнет-магазина. Любой движок (кроме платных, таких как битрикс), вы можете сами переделать под ваши требования.
Связь товаров и магазинов не болезнь, а специально добавленная возможность отнести каждый товар к конкретному магазину, плюс добавить возможность измения свойст товаров в каждом интернет-магазине. То что вы пишите, удаление связей, противоречит идеи мультимагазина. Так как теряется смысл, каждому магазину свой набор товаров. Другой вопрос как это реализовано.
Ваши требования, это только то, что подходит под ваш проект.
Если у вас все товары одинаковые, клиенты общие, вопрос - зачем вам мультимагазин? Вам лучше пересмотреть структуру своего проекта, чем думать о том, что менять в движке.
Можно решить такие вопросы разными методами. Я бы не стал нарушать связи в бд. Если применять такой метод, то нужно предусмотреть переопределение базовах классов, чтобы была возможность добавления товаров в будущем через админку. Магазины могут использовать общую базу товаров, для этого есть вебсервис. Вы можете использовать общий склад для всех магазинов, тогда запасы, номенклатура товаров будут одинаковы во всех ваших интернет-магазинах.