Каждый сам решает что делать с такими товарами. Если он вам не нужен, удалите его в админке.
Я никогда не удаляю товары, если они проиндексированы поисковиками. Добавляю для таких товаров блоки Похожие товары, Товары из одной категории. Вывожу текст, что товар закончился, но вы можете выбрать похожий товар ....
Так удается сохранить клиентов, не проседать в выдаче и продавать другие товары.