Если у ссылки присутствует псевдокласс hover в css (a:hover), то на IPad при первом клике по этой ссылке срабатывает событие hover.
Попробуйте быстро сделать два клика, если происходит обычный переход по ссылке, значит проблема с псевдоклассами.
Тогда нужно добавить в js определение User Agent iPad, если да то названичить событие touchstart, а не click как для остальных.