В шаблонах, в модулях. Везде по разному. Для стандарной темы есть функция addJS
public function addJquery($version = null, $folder = null, $minifier = true)
{
$this->addJS(Media::getJqueryPath($version, $folder, $minifier), false);
}
Она подгружает основную библотеку и плагины при загрузке страницы.