1. Или у вас есть переопределения базовых файлов. См. в папке /override/
2. Или у вас в теме/модулях используются разные версии библиотеки jQuery.
Обновлять нужно так, как рекомендуют в prestashop.
1. Отключите все дополнительные модули. Оставьте только те, что входят в стандарную тему.
2. Переключите на использование стандарной темы.
3. Очитсите кеш.
4. Отключите чпу, кеширование, ккк.
5. Обновите prestashop.
6. Проверьте работу сайта на станадарной теме. Если есть ошибки, устраните.
7. Переключите тему, если используете собственный шаблон, и подключите необходимык модули.
8. Проверьте работу сайта. Если нет ощибок, включите чпу и кеширование.