CMS и различные веб-сервисы не работают с кириллическими доменными именами — вернее, обработкой ссылок на кириллице. В .htaccess, robots.txt кириллические пути маршрутизации также не работают, их необходимо прописывать в punycode, то же самое касается перелинковки. Получить адреса в этом виде можно на nic.ru.
Если у вас имя сайта (Доменное имя ) в punycode - xn--80aaaae8af4ablp2c.xn--p1ai
то вставьте такое название в поля:
Доменное имя Магазина: xn--80aaaae8af4ablp2c.xn--p1ai
Доменное имя Магазина для SSL: xn--80aaaae8af4ablp2c.xn--p1ai
Удалите старый htaccess, очистите кеш, сгенерируйте новый файл htaccess, в нем будут все необходимые правила.
Все должно работать. Ничего править не нужно, если у вас не спец.правил для формирования адресов страниц.