на самом деле, обновить можно, но этот процесс очень трудоемкий.
поэтому, нужно сначала определиться, задав себе вопросы:
- что из старого сайта нужно оставить (данные, шаблон, модули)?
- какие новые возможности хочется, чтобы были на новом сайте?
- сколько готовы потратить времени/денег за обновление?
иными словами, если прежний сайт - сильно кастомизированный, имеет множество сторонних модулей и хочется все это, чтобы осталось после обновления вместе с шаблоном темы, то времени уйдет на обновление - уйма, а процесс примерно такой: сначала обновиться нужно до 1.4 (есть инструкция в официальном руководстве), затем с помощью модуля 1-Click Update обновиться сразу до последней версии престашоп. также не обойтись без системы контроля версий...
если важны только данные интернет-магазина, то конечно, лучше экспортировать данные в csv из старой версии (есть куча модулей) и импортировать их стандартным инструментом в новую систему.