Специально зашел так как столкнулся с той-же проблемой. оставлю решение для будущих поколений.
в настройках мультимагазина стоит галочка об автоматической переиндексации товара при создании, это прекрасно но с мультиком не работает, особенно если в группе магазинов есть магазин где какой-то товар общей базы выключен, т.е где товар в крайний раз обновился, там и индексируется, ну на версии 1.7 так.
Для того, чтобы поиск работал адекватно в каждом магазине группы, необходимо зайти в каждый магазин и выполнить переиндексацию товара:
Параметры магазина->Индексация->Можно создать задачу в cron для регулярной переиндексации по этой ссылке: (кликаем на ссылку!)
час убил пока искал но у меня заработало.
