У вас есть транспортные расходы, значит удалить шаг выбора перевозчика не получится.
Если вы его удалите, то транспортные в счет не войдут. Если вы выставляете счета без транспортных расходов, значит доставка у вас бесплатная.
Вам не удалять этап нужно, а создавать модуль доставки под ваши условия. На форуме была такая тема.