В общем, переустановил еще раз с нуля престу 1.6.0.9, создал второй шаблон для второго сайта, настроил мультисайт, больше ни каких настроек вообще не делал, даже индекс демо-товаров не обновлял. Поиск заработал на 2х сайтах.
Проапдейтился до 1.6.0.11, тоже поиск работает на 2х сайтах.
Далее создал 3ий шаблон, и добавил 3ий магаз в мультисайт. На втором и третьем сайте опять пропал поиск.
Не понятно в чем был глюк...