Трудно что-то посоветывать. По отдельности работает, а вместе нет. Явно настройки какие-то. Поиск в Prestashop из коробки работает без проблем. У вас все стандарное, были бы изменения, то можно было на на них думать. Можно попробывать на другом хостинге, возьмите тестовый хостинг и попробуйте там развернуть мультимагазин.