Через псевдонимы как-то заработало, но на втором сайте, на главной не отображаются все компоненты, не смотря на то, что шаблон для второго сайта делался через админку при помощи копирования исходного шаблона первого сайта. Кроме того, полагаю будут проблемы с сео при такой структуре... Буду пробовать все же сделать через общую директорию...