PrestaMan, спасибо за подсказку.
Выяснил, что при пересохранении вручную цены с НДС, цена без НДС пересчитывается корректно, соответственно и в микроразметке затем тоже верно отображается. Видимо, при импорте товаров списком с ценами такой баг есть.
Но, правда, только с одним знаком после запятой в микроразметке получается, а в фиде два знака. Посмотрю как дальше будет с гуглом.