Nikola, это и в prestashop 1.5 не работало. Точнее с версии 1.5.3.1 в prestashop RewriteCond в htaccess не могут менять схему url. Все делается через правила чпу и контроллер Dispatcher.php.
Чтобы убрать один из языков в url, нужно менять базовые классы.
Основной класс формирования url по правилам чпу.
1. /classes/Dispatcher.php
везде добавить условие для id_lang и isolang исключающее ru из формирования url.
Все внутреннии ссылки, это нужно для замены глобальных переменных prestashop в шаблонах
2. /classes/Link.php
тоже самое для id_lang
3. Замена глобальных переменных prestashop в шаблонах
{$base_dir}
на
{$link->getPageLink('index.php')}
4. В модулях, которые сами формируют ссылки