Для крон задач создайте отдельный файл mymodulecron.php
include(dirname(__FILE__).'/../../config/config.inc.php');
include(dirname(__FILE__).'/../../init.php');
/* Check to security tocken */
if (substr(Tools::encrypt('mymodule/cron'), 0, 10) != Tools::getValue('token') || !Module::isInstalled('mymodule'))
die('Bad token');
include(dirname(__FILE__).'/mymodule.php');
$myvar = new MyModuleClass();
....