1. Глобальное значение устанавливается в конфигурации сервера в файле php.ini
2. Значение для отдельного сайта можно установить в htaccess.
Если у вас в htaccess установлено 2000, а показыват предупреждение, что max_input_vars 1000, это значит глобальное значение 1000 и вам не разрешено его менять.